船舶の航行を目的としたトンネルをいう。船舶が重要な内陸運輸交通機関であった時代、運河の開削に伴って建設された。1679-81年に仏でMalpasトンネル（延長156m，断面26.6X8.7m）が建設され、その後、英で石炭運搬用等の比較的小断面のものが数多く掘られた。また， 1922年には世界最大級のRove運河トンネル（延長7118m，断面305㎡）が完成している。わが国では、琵琶湖と京都を結ぶ疎水が運河トンネルとして使用されたこともあった。トンネルの項参照